- 院务部（学生一站式服务中心）
- 党务部
- 发展规划合作部
- 教务部（ 图书馆、 信息中心、 评估与教学质量监控中心）
- 科技部（重点实验室、博士后工作站）
- 人力资源部（教师发展中心）
- 学生工作部（ 招生/就业指导中心、 团委、 人武部）
- 后勤保障部（财务部）
- 资产管理部
- 继续教育学院
- 郑蒲港校区管理委员会
- 江苏文天水利规划设计研究院有限公司
- 南京皖工高新技术研究院有限公司
- 水利工程学院
- 土木工程学院
- 电气信息工程学院
- 机械工程学院
- 财经学院
- 管理学院
- 艺术设计学院
- 基础部
- 马克思主义学院
- 创新创业学院
职能部门
直属单位
教学院部